孤独是一种性格，是一种遭遇，是一种精神，是一种伤痛。
《百年孤独》是一部探究孤独的大书。书中不仅再现了各种各样的孤独，各种各样排遣孤独的方法，还探究了孤独形成的种种原因。
作者所以精致地描写孤独，是因为孤独是马贡多小镇，哥伦比亚，乃至整个拉丁美洲人民的一种普遍遭遇。这种遭遇导致了拉丁美洲人民的精神悲剧和心里伤痛，形成了他们普遍存在的孤独性格。这种性格已经渗入到民族精神的血液之中，成了阻碍民族向上，国家进步的一大包袱。作者写作《百年孤独》，就是为了引发人们对马贡多现实的关注，找出造成马贡多百年孤独的根本原因，探索出一条摆脱孤独，挣脱命运播弄的正确途径。
在诸多性格鲜明的人物中，特别是布恩地亚家族中的成员无不带有孤独的性格。孤独成了马贡多家族成员的共性（它象征着拉丁美洲的共性）。书中写到：“他们尽管相貌不同，肤色各异，脾性、个子各有差异。但他们的眼神中，一眼便可辨认出那种这一家族特有的绝对不会弄错的孤独神情。”这里有霍塞•阿卡迪奥•布恩地亚献身科学研究不被认可的孤独，有乌苏拉为了整个家族鞠躬尽瘁不被理解的孤独，有阿卡迪奥们为了兽欲和自私寻欢作乐的孤独，有奥雷良诺•布恩地亚上校的军人孤独，有庇拉•特内拉的妓女孤独，还有俏姑娘蕾梅苔丝纯洁无邪的少女孤独，有阿玛兰塔和雷蓓卡的恋人孤独，有阿玛兰塔，奥雷良诺、梅梅的爱情孤独。
个人是孤独的，家庭也充满了孤独。译者序中写到：布恩地亚家族中“夫妻之间，父子之间，母女之间，兄弟姐妹之间，始终没有心心相印的感情沟通，没有推心置腹的切磋商讨；相互之间缺乏信任和理解，缺乏关心和支持。”反而存在着很多敌对、猜忌、加害、诽谤、诅咒和自行其是。
家庭存在孤独，国家也存在孤独。保守党和自由党之间表现的是个人、集体、阶级之间的利益争夺，根本不考虑国家、大众、大局利益。民众、党派、国家之间处于一种没有联系的自由散漫状态，表演的是一种虚伪、残忍、欺骗、愚弄的把戏。民众、党派、国家都生存在一种孤独之中。
孤独为什么会成为拉丁美洲一种普遍的遭遇呢？
加西亚•马尔克思曾经说过：“孤独的反义词是团结。”可见作者认为这种孤独的现象是因为不团结造成的。显然这种解释没有找到孤独的根本原因。为什么拉丁美洲就不能团结起来呢？这背后一定还隐藏着更深的原因。
作品第十三章，作者通过乌苏拉之口说出了自己对其中三个人物的看法。对孤独的作了一些理性的探索。
第一个人是奥雷良诺，书中说：“她明白了奥雷良诺•布恩地亚上校失去对家庭的爱，并不像她原先以为的那样是因为战争的残酷，而是因为他从来没有爱过谁，包括他的妻子雷梅苔丝和在他一生中曾经同他睡过一夜的无数女人，更不用说他的孩子们了。她隐隐约约发现，他并不像大家都一直认为的那样是为了某种理想而转战南北，也不像人们认为的那样是因为倦怠而放弃了唾手可得的胜利。打胜仗也好，打败仗也好，他都出于同一个原因，纯粹出于他罪恶的傲气。她最后得出结论，这个她险些为他丢了性命的儿子，原来是一个没有爱的能力的人。”这说明没有爱是造成奥雷良诺孤独的一个重要原因。
第二个人物是阿玛兰塔。书中写道：“阿玛兰塔的铁石心肠曾使他胆寒，她那深重的哀愁曾使她痛苦。然而在最后的一次观察中，乌苏拉却发现阿玛兰塔是从未有过的最温柔的女人。她以惋惜的心情彻底明白了阿玛兰塔对皮埃特罗•克雷斯庇的一切不合情理的折磨，并非如大家所认为的那样是出于报复的心理。她那使赫利奈多•马尔克斯上校终生失望的缓行折磨也不像人们认为的那样是出于她的一腔辛酸。所有这一切都是她那强烈的爱情与不可战胜的怯懦之间的殊死搏斗，而最后却是那种荒谬的恐惧站了上风，阿玛兰塔这种害怕的感情始终凌驾于她自己那颗备受折磨的心上。”这说明阿玛兰塔心中充满着爱，但这爱却被怯懦和恐惧压抑和扭曲了，表现在人们眼中的反而是一种残忍的面孔。
第三个人物是雷蓓卡，书中写到：“这个从来没有吃过她的奶，而只是吃地上泥土和墙上石灰的人……只有雷蓓卡这个内心焦躁，情欲外露的女人才是唯一具有无限勇气的人，乌苏拉希望自己的家族也具有这种勇气。”雷蓓卡是一个敢爱敢恨的人。为了爱情她可以舍弃一切，这是一种可贵的勇气。可是她的真爱没有得到真正的回报，也不被世人理解，也没有摆脱孤独的命运。
奥雷良诺的孤独是一种缺少爱的孤独。为什么会缺少爱呢？因为马贡多没有爱发育生长的环境，他们没有道德教义的熏陶和正义善良的倡导环境，他们生活在一个孤岛上与世隔绝，与外界联系很少，很多人只是像动植物一样，生命处于一种自然原始的状态，它们像没有管束的自然生命独自生长着。奥雷良诺的行为“纯粹出于罪恶的傲气”，这种傲气是一种原始兽性的再现，残酷的战争使这种兽性进一步发展，那些作为人固有的原始爱心已被战争的残酷荡涤得一干二净。类似的孤独有霍塞•阿卡迪奥•布恩地亚纯粹为追求金钱生存的建村、播种、对科学的好奇和探求；有美丽绝伦的雷梅苔丝纯粹为了舒适而不懂风情，不懂爱情的童稚行为；纯粹为了生计和淫欲的妓女庇拉•特内拉的种种荒唐行为等等。这些人都像在大自然中生长的树木花草，按生命的原始本性自然生长着。
阿玛兰特的孤独是一种心中充满爱，而这种爱得不到正确的引导，自己又无法排遣的孤独。他爱皮埃特罗•克雷斯庇，也爱赫里奈多•马尔克斯上校，但又没有爱的勇气，找不到爱的理由，这种爱反而变成了一种对心上人铁石心肠的折磨，变成了一种对情敌雷蓓卡的妒嫉与伤害。这说明马贡多缺少引导爱，并让爱走上正道的道德标准和善良教义。
像雷蓓卡虽然有爱，有爱的勇气，也与自己的有情人终成了眷属，但因为整个马贡多没有爱的标准，没有美丑善恶的分野，所以她的爱不能被世人理解，遭遇的反而是嫉妒和伤害。这是有爱，敢爱，却不能被世人接受的孤独。书中不能被人接受的东西太多太多了。这是因为马贡多人，在很多问题上没有共识，缺乏沟通所导致